| 1987 |
『教養の生物学』【共著】（池田清彦＋池田正子、パワー社） |
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『ナースの生物学』【共著】（池田清彦＋池田正子、パワー社） |
| 1988 |
『構造主義生物学とは何か――多元主義による世界解読の試み』（海鳴社） |
| 1989 |
『構造主義と進化論』（海鳴社） |
| 1990 |
『構造主義生物学の冒険』（毎日新聞社; 講談社学術文庫1332、講談社、1998/06） |
| 1992 |
『昆虫のパンセ』（青土社; 『虫の思想誌』、講談社学術文庫、講談社、1997/06） |
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『差別ということば』【共著】（柴谷篤弘＋池田清彦、明石書店） |
| 1993 |
『分類という思想』（新潮選書） |
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A.リマ・デ・ファリア『選択なしの進化――形態と機能をめぐる自律進化』【共訳】（池田正子＋池田清彦＋法橋登訳、工作舎） |
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『科学は錯覚である』（宝島社; 洋泉社、1995/12） |
| 1994 |
『思考するクワガタ』（宝島社） |
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マルコ・フェラーリ『「生きた化石」の世界』【翻訳】（新潮社） |
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マルコ・フェラーリ『擬態生物の世界』【翻訳】（新潮社） |
| 1995 |
『科学はどこまでいくのか』（ちくまプリマーブックス、筑摩書房） |
| 1996 |
『三人寄れば虫の知恵』【共著】（池田清彦＋奥本大三郎＋養老孟司、洋泉社; 新潮文庫、新潮社、2001/06） |
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『科学教の迷信』（洋泉社） |
| 1997 |
R.ミコッド『なぜオスとメスがあるのか』【翻訳】（新潮選書、新潮社） |
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『生物学者 仕事発見シリーズ』（実業之日本社） |
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『さよならダーウィニズム――構造主義進化論講義』（講談社選書メチエ、講談社） |
| 1998 |
『正しく生きるとはどういうことか』（新潮社; 新潮OH!文庫、新潮社、2001/08） |
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『生命』【共著】（池田清彦＋中村雄二郎、21世紀へのキーワード インターネット哲学アゴラ、岩波書店） |
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R.レウィントン＋D.ストリーター『オークの木の自然誌――すばらしいミクロコスモスの世界』【翻訳】（メディアファクトリー） |
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『科学とオカルト――際限なき「コントロール願望」のゆくえ』（PHP新書、PHP出版） |
| 1999 |
『生命という物語――池田清彦対話集』（洋泉社） |
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『楽しく生きるのに努力はいらない――元気がわき出る50のヒント』（サンマーク出版） |
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『虫の目で人の世を見る――構造主義生物学外伝』（平凡社新書、平凡社） |
| 2000 |
『臓器移植 我、せずされず』（小学館文庫、小学館） |
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『自由に生きることは幸福か』（文春ネスコ） |
| 2001 |
『遺伝子改造社会 あなたはどうする』【共著】（池田清彦＋金森修、新書y、洋泉社） |
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D.M.ゴードン『アリはなぜ、ちゃんと働くのか――管理者なき行動パタンの不思議に迫る』【共訳】（池田正子＋池田清彦訳、新潮社OH!文庫、新潮社） |
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『新しい生物学の教科書』（新潮社; 新潮文庫、新潮社、2004/07） |
| 2002 |
『生命の形式――同一性と時間』（哲学文庫5〔叢書生命の哲学2〕、哲学書房） |
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『他人と深く関わらずに生きるには』（新潮社） |
| 2003 |
『天皇の戦争責任・再考』【共著】（池田清彦＋小浜逸郎＋橋爪大三郎＋吉田司＋井崎正敏＋小谷野敦＋八木秀次、新書y、洋泉社） |
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『初歩から学ぶ生物学』（角川選書、角川書店） |
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『やぶにらみ科学論』（ちくま新書、筑摩書房） |
| 2004 |
『生きる力、死ぬ能力』（弘文堂、amazon.co.jp） |
| 2005 |
『やがて消えゆく我が身なら』（角川書店、amazon.co.jp） |
