| 1995 |
『トンデモ科学の世界』【共著】（竹内薫＋茂木健一郎、徳間書店） |
| 1997 |
『脳とクオリア――なぜ脳に心が生まれるのか』（日経サイエンス） |
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ブライアン・D.ジョセフソン『ノーベル賞科学者ブライアン・ジョセフソンの科学は心霊現象をいかにとらえるか』【翻訳】（竹内薫＋茂木健一郎訳、徳間書店） |
| 1998 |
『生きて死ぬ私――脳科学者が見つめた《人間存在》のミステリー』（徳間書店） |
| 1999 |
『心が脳を感じるとき』（講談社） |
| 2000 |
『意識は科学で解き明かせるか――脳・意志・心に挑む物理学』（講談社ブルーバックス、講談社） |
| 2001 |
『心を生み出す脳のシステム――「私」というミステリー』（NHKブックス、NHK出版） |
| 2003 |
A.ニューバーグ＋E.ダギリ＋V.ローズ『脳はいかにして〈神〉を見るか――宗教体験のブレイン・サイエンス』【監訳】（PHPエディターズグループ） |
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『脳とコンピュータはどう違うか――究極のコンピュータは意識をもつか』【共著】（茂木健一郎＋田谷文彦、ブルーバックス1412、講談社） |
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I.ロバートソン『マインズ・アイ』【共訳】（茂木健一郎＋和田裕子、朝日出版社） |
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『脳のからくり――わくわくドキドキする脳の話』【共著】（竹内薫＋茂木健一郎、中経出版） |
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『意識とはなにか――「私」を生成する脳』（ちくま新書、筑摩書房） |
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『スルメを見てイカがわかるか！』【共著】（茂木健一郎＋養老孟司、角川oneテーマ21、角川書店） |
| 2004 |
『脳内現象――〈私〉はいかに創られるか』（NHK BOOKS 1002、日本放送出版協会） |
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『脳の中の小さな神々』（茂木健一郎＋歌田明弘、柏書房） |
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『脳と仮想』（新潮社、amazon.co.jp） |
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ロビン・ウィルソン『四色問題』（茂木健一郎訳、新潮社、amazon.co.jp） |
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『知能の謎――認知発達ロボティクスの挑戦』（講談社ブルーバックス、講談社、amazon.co.jp）【共著】 |
| 2005 |
『脳と創造性――「この私」というクオリアへ』（PHP研究所、amazon.co.jp） |
